Comandamentul reprezintă componenta operativă, de coordonare şi suport logistic al Centrului de Scafandri.

Biroul operaţii asistă comandantul în faza de planificare, organizare şi control a misiunilor pe care unitatea şi oamenii săi trebuie să le îndeplinească.

Cu ajutorul diverselor celule tactice, planifică exerciţii şi operaţii complexe: antrenamente, operaţii speciale şi EOD, intervenţii la mare adâncime, operaţii umanitare, în sprijinul păcii, precum şi intervenţii la dezastre sau calamităţi naturale.

O echipă de profesionişti cu experienţă, compusă din militari şi civili, integraţi într-un sistem precis de planificare şi decizie, pregătiţi în permanenţă să asigure o interfaţă rapidă şi flexibilă între eşaloanele superioare şi structurile subordonate.

Tacticieni, ofiţeri de stat major, specialişti în domenii precise, pregătesc elemente necesare comandantului  pentru a lua cea mai bună decizie şi asigură comunicarea cu structurile implicate în acest proces pe verticală.

Biroul logistic, împreună cu cel financiar, asigură o bună gestiune a resurselor şi sunt indispensabile din punct de vedere al operaţiilor, asigurând mijloacele şi resursele necesare executării misiunilor specifice.